肠道健康对于动物和人类的健康和福祉至关重要。生产性能下降、畜禽死亡率增加、动物福利减少，以及家禽和猪产品的污染风险增加，这些对家禽和养猪业来说，是特别重要的问题。因此，维持良好的肠道健康是现代动物生产中的主要挑战。
引起畜禽肠道疾病的因素有哪些？
一、饲料与管理因素1、使用了劣质饲料
除了营养不均衡和吸收率差外，其中的粗纤维含量可能也会超标。也有的因为添加了劣质原料，破坏了肠道内环境，损伤肠粘膜乃至发病。腺肌胃炎的高发与饲料有直接关系。
2、饮水污染
肉鸡饮用了污浊的水源，会破坏鸡的肠道内环境，进而发生细菌或功能性腹泻。
3、换料过急
在肉鸡生长的不同时期，需要更换不同的饲料。而在更换饲料时过急过快，造成饲料应激，就会引起鸡的肠粘膜损伤，出现应激性腹泻。
4、环境卫生差，
消毒没做好，地养鸡垫料潮湿，都很容易诱发肠道疾病。
5、滥用抗生素
滥用抗生素不但伤肝肾等内脏器官，而且能直接伤害肠粘膜，破坏肠道菌群平衡。
二、疾病因素1、肠道菌群失调。
肉鸡肠道菌群失调，临床上主要表现为泡沫盲肠粪便、橙色粪便和大滩盲肠粪便；
鸡只可能存在“勾料”（将颗粒饲料甩出料盘），“料粪”（粪便中出现未被消化的饲料）；饮水量增加。
发生菌群失调时，肉鸡生产性能或不受影响，或使采食量减少，进而影响生长；脚病较常见。
使用抗生素药物后，有时稀便可恢复正常，但以后的整个生长期内仍然易感，不能形成永久免疫力，病因不除，仍会复发。
2、病毒性因素。
病毒性肠炎，多与轮状病毒和呼肠孤病毒有关，另外，新城疫、流感都能引起肠炎。
3、球虫病。
有机的地方就会有球虫，地养和笼养仅仅会减少球虫病的发病率及发病轻重，肠毒综合征或拉红粪都有小肠球虫的存在。
在肉鸡的整个养殖过程中，球虫病一直是最普遍的影响肠道健康和生长效率的重要疾病之一，而感染球虫后所引发的肠道病原菌感染，也是引发肠道疾病的重要原因。
4、坏死性肠炎。
引起坏死性肠炎的因素很多，但产气荚膜梭状芽孢杆菌是导致坏死性肠炎的一种普遍存在的厌氧性微生物。当肉鸡感染亚临床型球虫病，饲料中淀粉和蛋白质的含量过高，使用部分小麦、大麦和燕麦等代替玉米（,-5.00,-0.21%）作为能量饲料等情况下，产气荚膜梭状芽孢杆菌能在肠道中繁殖，产生毒性较强、肉鸡敏感的毒素而致病。
5、霉菌毒素蓄积性中毒。
霉菌毒素正在逐步加重对我国肉鸡的威胁。霉菌的污染，一般多见饲料、环境的污染。饲料污染最常见的是玉米的污染，其次是豆粕、杂粕的污染，然后是食槽内的污染和成品料的污染。
霉菌及其毒素的污染，对鸡的各个系统各个组织都能造成损害，尤其是消化系统。如肌胃溃烂、腺胃肿大、肠粘膜脱落、肠道菌群失调等；临床表现就是拉稀、拉不消化饲料粪便。
我国养鸡行业中流行的腺胃炎、肌胃腺胃炎，基本上都是由目前霉菌及其毒素引起的。但是，由于饲料霉变因素无法彻底排除，因而商品肉鸡要经常面临肠道不健康，消化系统功能不全的现状。
如果肠道出现了疾病，肠绒毛遭到了破坏，肠内菌群遭到了破坏，进入肠道的营养物质就不能够被机体很好的吸收利用，这时候机体就会出现生长缓慢，营养缺乏，免疫力下降，很多疾病都会出现。
使用药物和疫苗后，就会造成治疗失败，免疫失败。增加了药物的投入，增加了发病几率，增加了养殖的成本。
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